Alfonso dibebaskan tiga bulan kemudian, menaiki armada Marsyal Portugal ke Kannur.[26][38] Marsyal Portugis itu merupakan bangsawan terkemuka untuk melawat India, dan beliau bawa sebuah armada dengan lima belas kapal dan 3,000 anak kapal dihantar oleh Raja untuk pertahankan hak Alfonso, dan untuk merampas Kalikut.[39]

Pada 4 November 1509, Alfonso naik menjadi Gabenor Kedua Negeri India dan memegang jawatan itu sehingga mati. Almeida pulang pada tahun 1510,[40] Alfonso kemudian gunakan seluruh tenaganya.[41] Beliau berhasrat untuk tawan dunia Islam dan kawal perdagangan rempah.[41]

Sebenarnya Raja Manuel I dan ahli istana di Lisbon cuba untuk bahagikan kuasa kepada tiga bidang di Lautan Hindi.[28] Pada tahun 1509, seorang bangsawan bernama Diogo Lopes de Sequeira dihantar dengan sebuah armada ke Asia Tenggara untuk berunding dengan Sultan Mahmud Shah dari Melaka tetapi gagal dan pulang ke Portugal. Jorge de Aguiar diberikan kuasa di rantau antara Tanjung Harapan dan Gujarat. Beliau disusuli oleh Duarte de Lemos tetapi beliau berangkat ke Kochin dan kemudian ke Portugal, meninggalkan armadanya di tangan Alfonso.

Operasi di Goa, 1510

Tugu Albuquerque di Medan Afonso de Albuquerque, Lisbon (1902).Gambar menunjukkan padah daripada penaklukan Goa oleh Portugis, daripada bala tentera Yusuf Adil Shah.

PAda bulan Januari 1510, Alfonso pergi ke Kalikut menjunjung perintah Raja untuk serang—sewaktu Zamorin tiada—namun gagal. Marsyal Fernando Coutinho ingkar arahan dan masuk ke dalam bandar tersebut di mana beliau takjub dengan kekayaan bandar itu. Akhirnya beliau diserang hendap. Semasa berundur, Alfonso ditembak di dada tetapi terselamat manakala Coutinho dibunuh semasa cuba melarikan diri.[28]

Tidak lama kemudian, Alfonso kumpulkan sebuah armada dengan 23 kapal dan 1200 orang. Laporan moden kata beliau mahu melawan armada Kesultanan Mamluk Mesir di Laut Merah ataupun kembali ke Hormuz. Tetapi Alfonso mendapat khabar dari suatu Timoji (sebuah kapal pejuang privatir untuk Kerajaan Vijayanagara) yang mereka akan lebih senang bertempur di Goa di tempat mereka berteduh selepas Pertempuran Diu,[42] dan daripada Sultan Yusuf Adil Shah, juga dari perang dengan Kesultanan-kesultanan Dekan.[42] Jadi Alfonso menggunakan taktik mengejut dan tawan Goa daripada Kesultanan Bijapur. Dengan ini beliau telah laksanakan satu lagi tugasnya dengan penangkapan Goa, yang merupakan pelabuhan perdagangan terbaik di kawasan itu.

Serangan pertama berlaku di Goa dari 4 Mac ke 20 Mei 1510. Selepas penawanan Portugis, penduduk Hindu dan tentera Alfonso mula tidak endahkan beliau berikutan serangan daripada Ismail Adil Shah. Tambahan pula dengan kubu yang tidak seberapa, Alfonso tolak tawaran berdamai daripada Sultan Ismail dan beredar dari bandar tersebut pada bulan Ogos. Armada beliau berselerak dan sebuah pemberontakan tercetus di Kochi, maka beliau berangkat ke Kota Anjediva. Kapal-kapal baharu tiba dari Portugal, tetapi untuk seorang bangsawan bernama Diogo Mendes de Vasconcelos di Melaka yang baru sahaja diberikan kebenaran perintah di kawasan itu.

Tiga bulan kemudian pada 25 November, Alfonso tiba di Goa dengan armada yang baharu. Diogo Mendes de Vasconcelos terpaksa iringi beliau dengan kapal bantuan ke Melaka[28] dan lebih kurang 300 bantuan Malabar dari Kannur. Dalam masa sehari, mereka merampas Goa daripada Ismail Adil Shah dan sekutu Uthmaniyah baginda menyerah kalah pada 10 Disember. Lebih kurang 6000 ke 9000 pejuang Muslim dari bandar itu terkorban, sama ada mati dalam pertempuran mahupun lemas semasa cuba larikan diri.[43] Alfonso mendapat sokongan warga Hindu kerana menewaskan orang Islam, tetapi membuat Timoji geram kerana dia ingin menjadi gabenor. Alfonso membalas jasanya dengan melantik beliau sebagai Ketua Wazir (Aguazil) bandar tersebut, seorang pentadbir dan wakil warga Hindu dan Muslim, sebagai seorang penafsir budaya dan adat di sana.[42] Beliau kemudian mengurangkan jumlah ufti yang harus dibayar.

Mengecap duit syiling untuk d'Albuquerque di Goa (1510)

Di Goa, Alfonso asaskan kilang syiling Portugis pertama di timur selepas saudagar Timoja suarakan aduan mereka tentang kekurangan matawang, dan Alfonso mengambil peluang ini untuk mengukuhkan lagi penaklukan mereka.[44] Syiling yang berdasarkan syiling yang telahpun wujud ini mempunyai salib di sebelah dan sfera armila, sebelah lagi menujukkan jata Raja Manuel. Matawang cruzado atau manueis emas, esferas dan alf-esferas perak, dan "leais" gangsa dicetak.[45][46] Satu lagi kilang syiling dibina di Melaka pada tahun 1511.

Di Goa, Alfonso bina Hospital Real de Goa atau Hospital Diraja Goa bersebelahan Gereja Santa Catarina. Apabila beliau terdengar bahawa doktor di hospital itu meletakkan harga perubatan yang tinggi, Alfonso panggil mereka bermesyuarat, dan berkata "Kalian mengenakan bayaran pakar perubatan dan langsung tidak tahu penyakit apa orang-orang yang berkhidmat demi Raja kita mati menghidapi"[47] dan paksa mereka bekerja di tembok kota sepanjang hari dari siang sehingga malam.[48]

Walaupun sering diserang, Goa menjadi ibu pusat India Portugis dan penaklukan menyebabkan kerajaan jiran lain patuh: Sultan Gujarat dan Zamorin dari Kalikut hantarkan duta, tawaran pakatan dan geran untuk pengukuhan.

Alfonso kemudian menggunakan Goa untuk merampas perdagangan rampah, untuk menjual kuda Parsi kepada Vijayanagara dan putera-putera Hindu dengan balas mereka bantu Portugis dalam peperangan.[49]

Melaka, dan A Famosa, dilukis oleh jurulakar Alfonso, Gaspar Correia.

Penaklukan Melaka, 1511

Rencana utama: Penaklukan Melaka (1511)

Alfonso berkata kepada tenteranya kenapa Portugis mahu tawan Melaka:

"Raja Portugal telah perintah kepada aku untuk berangkat ke Selat [Melaka], kerana...inilah tempat yang paling sesuai untuk putuskan perdagangan orang Muslim...yang dilakukan di sini. Jadi ia adalah suatu tugasan daripada Tuhan Kita kita ke sini; dengan menawan Melaka, kita akan tutup Selat [Melaka] supaya orang Muslim tak akan sekali lagi dapat bawa rempah mengikut haluan ini.... Aku pasti yang, kalau perdagangan dengan Melaka dirampas dari tangan mereka, Kaherah dan Mekah pasti akan punah-ranah." (daripada The Commentaries of the Great Afonso de Albuquerque)[29]Gerbang Kota A Famosa di Melaka

Tanggal Februari 1511, menerusi seorang saudagar Hindu bernama Nina Chatu, Alfonso menerima sepucuk surat daripada Rui de Araújo, salah seorang daripada 19 banduan Portugis yang ditahan di Melaka sejak 1509. Ia menyuruh Alfonso kerahkan seluruh armada untuk bebaskan mereka, dan ia juga mengandungi maklumat teliti berkenaan kubu dan pertahanan Melaka. Alfonso bawa ia ke Diogo Mendes de Vasconcelos untuk majukan armada bergabung. Pada April 1511, selepas mengukuhkan Goa, beliau kumpulkan sebanyak 900 orang tentera Portugis, 200 Hindu askar upahan dan lebih kurang lapan belas buah kapal.[50] Beliau mula tuju ke Melaka, mengingkari perintah dan kehendak Diogo Mendes yang ingin mengetuai pengembaraan tersebut. Alfonso akhirnya tumpukan seluruh kerajaan Portugis di Lautan Hindi. Selepas menakluk Melaka, beliau utuskan surat kepada Raja tentang pendapat beliau bertentangan dengan pendapat Diogo Mendes, bahawa jika mereka bahagikan kuasa pasti binasalah Portugis di India.[28] Di bawah pemerintahan beliau ialah Ferdinand Magellan yang pernah terlibat dalam misi perwakilan bersama Diogo Lopes de Sequeira pada tahun 1509.

Selepas tersalah mula ke Laut Merah, mereka belayar ke Selat Melaka. Ia merupakan bandar terkaya yang Portugis pernah cuba tawan, dan juga merupakan pusat perdagangan yang disentuh saudagar-saudagar dari Gujarati, China, Jepun, Jawa, Benggala, Parsi, Arab dan banyak lagi, dan Melaka ditulis dalam Tomé Pires mempunyai kekayaan yang tiada tara. Walaupun ia merupakan kota yang kaya, hampir semua kota tersebut dibina dengan kayu dengan beberapa binaan batu, tetapi ia tetap dikawal yang terdiri daripada 20,000 orang askar dan 2000 senjata bedil seperti meriam. Kota Melaka menjadi lemah lagi kerana kerajaan Sultan Mahmud Shah memilih kasih terhadap golongan Muslim dan menyebabkan pedagang lain berasa terhina.

Alfonso kini berdepan dengan kota Melaka, kapalnya ditaburi panji-panji dan lepaskan berdas-das meriam. Beliau perintah Sultan untuk bebaskan banduan dan bayar ganti rugi, dan menuntut kebenaran untuk dirikan sebuah pusat dagangan. Sultan Mahmud akhirnya bebaskan banduan tetapi langsung tidak kejut akan pasukan armada Portugis yang kecil. Alfonso kemudian bakar beberapa kapal di pelabuhan dan empat binaan di pantai. Sungai Melaka membahagikan kota tersebut kepada dua, dan jambatan menjadi tempat sesuai untuk menyerang. pPda 25 JulaiS swaktu fajar Portugis mendarat dan bhadaei prtempuran yang sengit djuga dilanda hujan anah berupas,. Akhirnyn jambatan tersebut jatuh ke tangan Portugismada waktu petang. Selepas Sultan langsung tidak endahkan mereka, mereka kembali ke kapal dan sediakan jong (diberi oleh pedagang China), memenuhkan ia dengan orang, senjata bedil dan beg pasir. Ia diketuai oleh António de Abreu naik sungai sewaktu air pasang dan mereka mendarat pada hari seterusnya. Selepas pertarungan sengit di mana Sultan muncul dengan tentera gajah perang, para hulubalang bolos dan Sultan pula melarikan diri.[28] Alfonso nantikan balas daripada Sultan. Pedagang mula meminta perlindungan dengan orang Portugis dan mereka diberi panji untuk tandakan tempat mereka supaya tidak akan dijarah. Pada 15 Ogos, Portugis menyerang semula walaupun Sultan telahpun melarikan diri dari kota. Mereka merompak dan merampas segala harta kecuali di rumah atau tempat yang ditandakan dengan panji tadi.[51] Alfonso persediakan Melaka, kalau-kalau adanya serangan balas daripada puak Melayu[50] dengan membina kubu. Beliau menyuruh orang suruhannya untuk buat rondaan, musnahkan masjid dan kubur dan gunakan batunya dalam projek pembinaan kota. Walaupun ia memakan masa yang amat lama tambahan pula dengan kepayahan iklim dan demam kura, kota tersebut siap dibina pada November 1511, dan gerbang yang kota kubu tinggal sehingga kini dan dinamakan "A Famosa" ('yang Masyhur'). Kemudian Alfonso dirikan sebuah batu dengan nama orang-orang yang terlibat dalam penaklukan ini. Untuk mengelak daripada pertengkaran berkenaan turutan nama, beliau halakan ia ke sebuah dinding dengan tulisan: Lapidem quem reprobaverunt aedificantes (bermaksud "Batu yang dibuang oleh tukang-tukang bangunan", daripada ramalan Daud, Kitab Mazmur 118:22–23) di hadapan.[52]

Beliau tetapkan pentadbiran Portugis, melantik semula Rui de Araújo sebagai wakil negeri yang ditarik dahulu semasa beliau ditahan pada tahun 1509, dan melantik saudagar Nina Chatu untuk menggantikan bendahara, menjadi wakil kepada orang bukan Islam dan penasihat. Selain daripada membantu dalam urusan negeri dan pengilangan syiling pertama, beliau juga memberi jong untuk misi-misi diplomatik.[53] Sementara itu, Alfonso memberkas dan hukum bunuh saudagar kuat bernama Utimutiraja yang berhubung dengan keluarga diraja yang diusir, walaupun setelah dilantik dalam jawatan pentadbiran Portugis sebagai wakil penduduk Jawa.

Alfonso juga ada hantarkan ramai Órfãs d'El-Rei[54][55] ke Melaka Portugis.

Flor de la mar karam, 1511

Pada 20 November 1511, Alfonso belayar dari Melaka ke persisiran Malabar dengan kapal kerakah Flor de la Mar yang digunakan dalam penaklukan Melaka. Walaupun ia mengalami kerosakan, Alfonso tetap menggunakan ia untuk mengangkut harta rampasan kerana ia mempunyai isi padu yang besar.[28] Beliau mahu tunjukkan Raja Manuel harta Melaka. Ia juga ditawarkan daripada Kerajaan Siam kepada Raja Portugal dan segala hartanya. Semasa belayar, Flor de la Mar dilanda ribut dan karam, tetapi Alfonso terselamat.[50]

Pengurusan hal ehwal Melaka

Pengutusan kedutaan ke negeri-negeri Bago, Sumatera dan Siam, 1511

Selepas ramai saudagar Muslim dan Gujarati lari kota, Alfonso mulakan hubungan diplomatik dengan saudagar Asia Tenggara seperti China supaya mereka berbaik dengan Portugis. Perwakilan perdagangan dan diplomat diutuskan ke kerajaan berdekatan: Rui Nunes da Cunha diutuskan ke Bago (atau Pegu, di Burma), di mana Raja Binyaram membalas dengan menghantarkan utusan ke Kochi pada tahun 1514[56][57] dan Sumatera, raja-raja Kampar dan Indragiri di Sumatera hantar utusan kepada Alfonso sebagai penerimaan kuasa Portugis, dan menjadi negeri lindungan kepada Melaka.[58] Alfonso tahu Siam sangat sukakan Melaka, jadi beliau hantar Duarte Fernandes sebagai utusan diplomat ke Kerajaan Siam (Thailand), dan kirimkan sebuah kapal jong China. Duarte Fernandes ialah salah seorang daripada banduan Melaka dahulu, dan telah peroleh maklumat dan budaya negeri tersebut. Beliau menjadi orang Eropah pertama yang menjejak tanah Siam, dan telah jalinkan hubungan persahabatan antara kerajaan Portugal dan istana Raja Siam Ramathibodi II. Beliau akhirnya pulang dengan utusan dari negeri Siam bersama-sama hadiah dan surat kerada Alfonso dan Raja Portugal.[58]

Pengembaraan ke Kepulauan Maluku, 1512

Lakaran Pulau Ternate dengan Kota São João Baptista, dibina tahun 1522.

Pada bulan November, selepas menawan Melaka dan dapat tahun lokasi "kepulauan rempah", Alfonso hantar tiga buah kapal yang diketuai oleh António de Abreu dan panglima timbalan Francisco Serrão untuk pergi mencarinya.[59] Pelaut Melayu diupah untuk bawa mereka ke Jawa, Kepulauan Nusa Tenggara, Pulau Ambon ke Kepulauan Banda, dan tiba pada tahun 1512.[60] Di sana mereka duduk selama sebulan membeli dan mengisi kapal mereka penuh dengan buah pala dan cengkih. António de Abreu kemudian belayar ke Pulau Ambon sementara Serrão pergi ke Kepulauan Maluku, tetapi kapal karam di Pulau Seram. Sultan Abu Lais dari Ternate terdengar mereka terdampar, dan baginda mengambil peluang untuk gabung kuasa dengan sebuah negeri asing yang kuat. Mereka dibawa ke Ternate pada tahun 1512 dan dibenarkan untuk membina sebuah kota di sana, dinamakan Forte de São João Baptista de Ternate (Kota Santo John si Pembaptis di Ternate).

Pengembaraan ke China, 1513

Maharaja Zhengde

Awal tahun 1513, Jorge Álvares yang belayar di bawah perintah Alfonso, dibenarkan untuk labuh ke Pulau Lingding, di Delta Sungai Mutiara di selatan China. Tidak lama kemudian, Alfonso utuskan Rafael Perestrello ke selatan China untuk jalinkan hubungan perdagangan dengan Wangsa Ming. Dengan kapal dari Melaka Portugis, Rafael belayar ke Canton (Guangzhou) pada tahun 1513, dan sekali lagi pada tahun 1515 hingga 1516 untuk tujuan berdagang. Pengembaraan ini serta pengembaraan Tomé Pires dan Fernão Pires de Andrade, merupakan hubungan langsung pertama Eropah ada dengan China. Tetapi setelah kemangkatan Maharaja Zhengde China pada 19 April 1521, pihak konservatif kerajaan yang mahu kurangkan pengaruh sida-sida menolak kedutaan baharu Portugis. Mereka berperang di laut menentang Portugis di Tuen Mun, dan Tomé terpaksa kirim surat ke Melaka yang beliau dan duta-duta lain dikurung dalam penjara sehinggalah Portugis berundur daripada mengawal Melaka dan pulangkan takhta kepada bekas Sultan Melaka (baginda dahulu negeri lindungan kerajaan Ming).[61] Apapun, hubungan China dan Portugis pada akhirnya baik semula pada 1540-an dan pada tahun 1557 sebuah pengkalan kekal Portugis ditadbirkan di Makau di selatan China dengan kebenaran kerajaan Ming.

Kembali ke Kochi dan Goa

Alfonso de Albuquerque sebagai gabenor India

Alfonso pulang ke Kochi dari Melaka, tetapi tidak boleh belayar ke Goa kerana ada berlakunya pemberontakan yang didalangi Sultan Bijapur Ismail Adil Shah, diketuai oleh Rasul Khan dan orang negeri. Semasa Alfonso tiada di Melaka, pihak Portugis yang membantah penaklukan dahulu sekarang melepaskan Goa begitu sahaja, malah juga tulis surat kepada Raja untuk lepaskan ia. Alfonso yang kini terkandas kerana musim tengkujuh dan hanya mempunyai beberapa orang sahaja terpaksa tunggu kapal bantuan yang diketuai anak buahnya D. Garcia de Noronha, dan Jorge de Mello Pereira untuk datang .

Semasa di Kochin, Alfonso ada dirikan sebuah sekolah. Dalam sepucuk surat peribadi kepada Raja Manuel I, beliau beritahu yang beliau ada jumpa sebuah peti penuh dengan buku untuk didik peranakan Portugis (casados) dan pemeluk Kristian cara untuk menulis dan membaca. Dan menurut Alfonso, mereka semua "sungguh pintar dan senang tangkap apa yang diajar".[62]

Pada 10 September 1512, Alfonso belayar dari Kochi ke Goa dengan empat belas buah kapal dengan 1,700 orang askar. Dengan azam untuk tawan semula Goa, beliau perintah parit digali dan tembok ditembusi. Tetapi pada hari yang mereka mahu menyerang, Rasul Khan menyerah. Alfonso mahu kota tersebut diserahkan sekali dengan senjata, peluru meriam, kuda dan sebagainya, dan mahu pembelot diserahkan. Ada yang ikut Rasul Khan semasa Portugis terpaksa lari dari Goa pada Mei 1510, ada yang baru sahaja ikut. Rasul Khan bersetuju, dengan syarat mereka tidak dibunuh. Alfonso setuju dan tinggalkan Goa. Beliau kotakan janjinya untuk tidak bunuh mereka, tetapi sebaliknya cacatkan mereka satu per satu. Salah seorang daripada pembelot ini ialah Fernão Lopes, yang dalam perjalanan ke Portugal untuk dipenjarakan, telah melarikan diri ke pulau Saint Helena dan hidup seorang diri untuk bertahun-tahun. Selepas menawan Goa semula, bandar tersebut menjadi pendudukan Portugis yang terhebat di India.

Kempen di Laut Merah, 1513

Pada bulan Disember 1512, seorang utusan dari Habsyah datang dari Goa. Mateus dihantar oleh Ratu Eleni, berikutan kedatangan Portugis dari Soqotra pada tahun 1507, sebagai duta kepada raja Portugal untuk bersepakat menentang perkembangan Islam. Beliau diterima dengan baik di Goa dan dinaung oleh Alfonso. Kedatangannya diumumkan oleh Raja Manuel kepada Paus Leo X pada tahun 1513. Walaupun Mateus tidak dipercayai pesaing Alfonso, yang cuba buktikan Mateus sebenarnya seorang penipu atau perisik Muslim, Alfonso tetap hantarkan beliau ke Portugal.[63] Catatan mengatakan bahawa Raja Portugal berlinangan air mata mendengar laporan ini.

Pada Februari 1513, semasa Mateus di Portugal, Alfonso belayar ke Laut Merah dengan 1000 orang Portugis dan 400 orang Malabar. Beliau diperintahkan untuk rampas kuasa Laut Merah demi Portugal. Soqotra telahpun ditinggalkan kerana langsung tidak berkesan untuk mengawal selat di Laut Merah ke Lautan Hindi. Dan pendapat Alfonso yang Masawa (di Eritrea) boleh dijadikan pengkalan Portugis mungkin dipengaruhkan oleh laporan Mateus.[28]

Alfonso tahu yang tentera Mamluk sedang siapkan armada kedua di Suez, jadi beliau majukan armadanya dahulu sebelum Mamluk sampai ke Aden dan kepung kota tersebut.[64] Aden ialah kota berkubu, dan walaupun mereka ada tangga untuk panjat ia, tangga-tangga tersebut binasa semasa pertempuran. Selepas separuh hari berperang, Alfonso terpaksa berundur. Beliau belayar disekitar Bab al-Mandeb, dengan armada pertama Eropah yang pernah belayar mengikut haluan ini. Beliau cuba sampai ke Jeddah, tetapi angin tidak menentu dan beliau berteduh di pulau Kamaran di bulan Mei, sehinggalah penyakit dan kekurangan bekalan air melanda orang-orang Alfonso dan menyebabkan beliau terpaksa beredar. Pada Ogos 1513, selepas cubaan kedua masuk Aden, beliau terpaksa kembali ke India dengan tangan kosong. Dengan tujuan memusnahkan kuasa Mesir, beliau dikatakan menimbangkan idea untuk memesongkan aliran Sungai Nil dan dengan itu menjadikan seluruh negara tandus. Yang paling dahsyat sekali, beliau merancang untuk mencuri jasad Nabi Muhammad SAW, dan mahu jadikan ia sebagai tebusan sehingga seluruh umat Islam tinggalkan Tanah Suci.[65][66]

Walaupun rancangan Alfonso untuk capai Suez gagal, ini merupakan serangan mendadak Kristian pertama di Laut Merah dan telah mencetuskan panik di Kaherah, malah telah mengejutkan seluruh dunia Islam.[67]

Penundukan Kalikut

Kota Portugis di Kalikut

Dalam penutupan penggal Alfonso sebagai gabenor India, beliau berjaya tamatkan perbalahan antara pihak Portugis dan Zamorin, yang telah berlanjutan sejak pembunuhan orang-orang Portugis di Kalikut pada tahun 1502. Semakin binasa perdagangan dan luput lindungan dari negeri lain, akhirnya kerajaan Zamorin bersaing dengan diri sendiri. Pemerintah Zamorin akhirnya dibunuh dan digantikan dengan pihak pembangkang, dengan hasutan Alfonso. Dengan itu, perbincangan perdamaian dapat dilakukan; Portugis dibenarkan untuk bina kota di Kalikut, dan dibenarkan beli seberapa banyak pun lada dan halia yang mereka mahu, dengan harga yang ditetapkan, dan separuh sahaja ufti perlu dibayar berbanding sebelum itu.[68] Pembinaan kota bermula terus di bawah samaran ketua jurubina Tomás Fernandes.

Pentadbiran dan diplomasi di Goa, 1514

Badak sumbu oleh Albrecht Dürer, teknik toreh kayu (1515)Wanita-wanita Portugis dan Kristian India, lakaran dalam Códice Casanatense

Selepas perdamaian, pada tahun 1514 Alfonso habiskan masanya dengan mengurus Goa dan menerima kedutaan daripada gabenor-gabenor India, menguatkan lagi kota mereka dan menggalakkan perkahwinan antara perawan Portugis dan wanita tempatan. Pada masa itu, wanita Portugis diharamkan daripada meneroka ke laut. Dalam tahun 1511, dengan sebuah dasar yang Alfonso kuat kuasakan, kerajaan Portugis galakkan pengembara mereka untuk berkahwin dengan wanita tempatan. Untuk menggalakkan penempatan, Raja Portugal anugerahkan kebebasan dan pengecualian daripada cukai Mahkota bagi lelaki Portugis yang pergi luar negeri dan berkahwin dengan wanita di sana. Dengan ini, perkahwinan bercampur berkembang. Beliau lantik orang tempatan untuk jawatan dalam pentadbiran Portugis dan tidak kacau dengan adat tempatan (kecuali "sati", amalan membakar balu yang beliau haramkan).

Pada bulan Mac 1514, Raja Manuel utuskan kedutaan yang dibawa oleh Tristão da Cunha kepada Paus Leo X, yang pertunjukkan kota Rom dengan pelbagai haiwan eksotik dan harta dari koloni-koloni mereka dari Hindia.

Awal tahun 1514, Alfonso utuskan kedutaan kepada Sultan Muzaffar Shah II dari Gujarat, pemerintah Kambay, untuk dapat kebenaran pembinaan kota di Diu, India. Utusan beliau kembali tanpa persetujuan, tetapi pertukaran hadiah ada dilakukan, seperti seekor badak sumbu India.[69] Alfonso hantarkan hadiah tersebut yang bernama ganda, sekali dengan penjaganya Ocem, kepada Raja Manuel.[70] Pada lewat tahun 1515, Raja Manuel hantarkan toreh kayu badak sumbu Dürer kepada Paus Leo X sebagai suatu hadiah. Dürer tidak pernah lihat badak sumbu, yang ia merupakan spesimen pertama yang pernah dilihat di Eropah sejak zaman Rom.

Penaklukan Hormuz dan keuzuran

Alfonso de Albuquerque sebagai Gabenor India

Pada tahun 1513 di Kannur, Alfonso menerima lawatan oleh seorang duta Parsi daripada Shah Ismail I, yang juga utuskan duta-duta ke negeri Gujarat, Hormuz dan Bijapur. Duta Bijapur tersebut menjemput Alfonso untuk hantar seorang utusan balas ke negeri Parsi. Maka Miguel Ferreira pun diutuskan ke Tabriz melalui Hormuz, di mana beliau ditemu ramah dengan syah tentang rancangan untuk gulingkan Sultan Mamluk.

Pada masa yang sama, Alfonso laksanakan penaklukan Hormuz. Beliau dapat tahu yang selepas Portugis berundur dari sana pada tahun 1507, seorang raja muda naik kuasa di bawah pengaruh seorang wazir Parsi yang hebat bernama Reis Hamed, dan baginda takut akan wazir itu. Di Hormuz pada bulan Mac 1515, Alfonso pergi menghadap raja dan memohon wazir itu hadir sekali. Beliau dan rombongan pengiringnya terus tikam dan bunuh wazir, dan "membebaskan" raja daripada kuasanya. Maka Pulau Hormuz di Teluk Parsi pun tunduk dan menjadi negeri lindungan Empayar Portugis. Hormuz kekal di dalam tangan Portugis sehinggalah sebuah persekutuan di antara British dan Parsi akhirnya mengusir Portugis keluar pada tahun 1622.[71] Di Hormuz, Alfonso bertemu dengan Miguel Ferreira, yang pulang dengan pelbagai hadiah dan seorang duta yang membawa surat perutusan daripada Shah Ismail mengajak Alfonso untuk jadi tuanan tinggi di Parsi.[72] Di sana Alfonso uruskan hal ehwal diplomatik, menerima utusan dan menyelia pembinaan kota baharu, sementara juga jadi semakin uzur. Keuzuran beliau ada tertulis pada September 1515.[73]

Pada bulan November 1515, beliau menaiki kapal ke Goa, namun beliau mati semasa dalam pelayaran.

Kematian

Hidup Alfonso berakhir dengan penutup yang teruk dan memalukan. Sewaktu itu, musuh politik beliau di kerajaan Portugis sedang merancang kejatuhan Alfonso. Mereka menghasut dan berpakat menaruh perasaan iri hati dalam hati Raja Manuel terhadap Alfonso, menganginkan yang Alfonso sebenarnya mahu rampas kuasa India Portugis.[74]

Semasa pulang dari Hormuz di Teluk Parsi, berdekatan pelabuhan Syaul (atau Chaul), beliau terima khabar yang sebuah armada Portugis ada datang dari Eropah, membawa perutusan yang beliau akan digantikan dengan musuh ketatnya, Lopo Soares de Albergaria. Apabila sedar yang pesaing-pesaing beliau di kerajaan telah aniaya beliau, Alfonso suarakan hatinya dengan hampa dan sedih: "Berat sungguhlah pasti dosa aku terhadap Raja, kerana aku disisih baginda dan digantikan dengan mereka, dan juga disisih mereka bergantikan baginda."[75]

Alfonso dapat rasakan nyawanya semakin suntuk, beliau memakai mantel kesateria Golongan yang Dianugerahi Darjah Santiagonya lalu tuliskan wasiatnya, melantik ketua dan pegawai tinggi Hormuz, dan adakan mesyuarat terakhir dengan ketua-ketua beliau untuk tentukan masalah yang melanda Negeri India Portugis.[73]

Beliau tulis sepucuk surat pendek kepada Raja Manuel, memohon kurniakan kepada anak kandungnya "setinggi-tinggi kehormatan dan anugerah" yang dihutangi baginda kepada Alfonso. Beliau tuliskan surat tersebut dengan kata-kata yang lembut dan halus, untuk menguatkan yang Alfonso amat setia kepada baginda.[71][76]

Pada 16 Disember 1515, Alfonso de Albuquerque mati semasa hampir tiba ke persisiran Goa. Apabila orang dapat tahu akan kematiannya, "ada tangisan hebat dari semua rumah dan jalanan",[77] dan ramai pergi keluar ke jalan untuk saksikan mayatnya diusung atas kerusi yang dibawa oleh ketua-ketua Alfonso, dan orang-orang berarak membawa obor.[78]

Mayat Alfonso dikebumikan di Goa, seperti yang diminta dalam wasiatnya, di Gereja Nossa Senhora da Serra (Our Lady of the Hill, atau Dang Bukit Kami), yang dibina pada tahun 1513 supaya Alfonso dapat ucapkan terima kasih kepada Siti Maryam (Virgin Mary) kerana membenarkan beliau larikan diri ke pulau Kamaran.[79] Malam itu, orang Hindu juga turut bersedih dengan orang Portugis, "kerana beliau disayangi [mereka] semua",[80] dan ada yang berkata "Tuhan perlukan dia untuk suatu perang, dan oleh sebab itu Dia telah mengambilnya".[81][73]

Di Portugal, dasar Raja Manuel menjadi tidak menentu arah. Baginda masih lagi tidak dengar khabar tentang kematian Alfonso kerana teknologi komunikasi masih lagi perlahan pada zaman itu. Baginda terdengar khabar angin yang Sultan Mamluk Mesir sedang menyediakan bala tentera di Suez untuk hentikan penaklukan Hormu. Baginda insaf kerana gantikan Alfonso dahulu dan terus menulis persuratan kepada Lopo Soares de Albergaria pada Mac 1516 untuk pulangkan kuasanya balik kepada Alfonso dan berikan beliau semua sumber dan bahan untuk berdepan dengan Kesultanan Mamluk. Albergaria pun persiapkan tentera laut di Asia, dengan perintah untuk Alfonso dijadikan ketua panglima untuk berdepan dengan angkatan Sultan Kaherah (kalaulah beliau masih ada di India). Tragisnya, Raja Manuel akhirnya mendapat khabar bahawa Alfonso telahpun mati berbulan dahulu, dan pilihan baginda untuk lantik semula beliau sudahpun terlambat.[73][74]

Selepas 51 tahun, pada tahun 1566, mayat Alfonso dialihkan ke gereja Nossa Senhora da Graça (Dang Limpah Kurnia),[82] yang binasa dan dibina semula selepas kejadian gempa bumi Lisbon 1755.